รัฐบาลให้ความสำคัญกับการกำกับดูแลมูลนิธิให้ดำเนินกิจการอย่างถูกต้องตามกฎหมาย เพื่อให้การดำเนินการของมูลนิธิเป็นไปตามกฎหมาย มีความโปร่งใส ตรวจสอบได้ โดยเฉพาะการบริหารจัดการเงินบริจาคและทรัพย์สินของมูลนิธิ ต้องดำเนินการให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ของมูลนิธิอย่างถูกกฎหมาย อันเป็นการคุ้มครองประโยชน์สาธารณะ รักษาความเชื่อมั่นของประชาชนและผู้บริจาค ตลอดจนป้องกันมิให้มีการนำมูลนิธิไปใช้ เป็นเครื่องมือแสวงหาประโยชน์โดยมิชอบด้วย
.
โดยกระทรวงมหาดไทย ได้ออกประกาศ เรื่อง การดำเนินกิจการของมูลนิธิ เพื่อคุ้มครองประโยชน์สาธารณะและรักษาความเชื่อมั่นของประชาชนที่มีต่อมูลนิธิ รวมทั้งเพื่อยกระดับความโปร่งใส ตรวจสอบได้ กำหนดให้มูลนิธิต่าง ๆ ต้องจัดทำและรายงานผลการดำเนินงานประจำปีตามที่กฎหมายกำหนด สามารถยื่นรายงานผลการดำเนินการต่อนายทะเบียนพร้อมหลักฐาน ด้วยตนเอง หรือยื่นผ่านระบบ i-Service ของกรมการปกครอง โดยมูลนิธิทุกแห่งสามารถจัดส่งรายงานผลการดำเนินการต่อนายทะเบียนมูลนิธิ ผ่านช่องทางดังต่อไปนี้
1. รายงานผลการดำเนินการต่อนายทะเบียนมูลนิธิ ด้วยตนเอง ณ สำนักงานเขต หรือ ณ ที่ว่าการอำเภอ กรณีสำนักงานใหญ่ตั้งอยู่ในพื้นที่จังหวัดอื่น
2. รายงานผลการดำเนินการต่อนายทะเบียนมูลนิธิผ่านระบบ i-Service โดยลงทะเบียนผู้ใช้งาน ณ กลุ่มงานพัฒนาระบบสารสนเทศเพื่อความสงบเรียบร้อย ศูนย์บริการประชาชน กรมการปกครอง (วังไชยา) หรือ ณ ที่ว่าการอำเภอ กรณีสำนักงานใหญ่ตั้งอยู่ในพื้นที่จังหวัดอื่น
.
รัฐบาลเน้นย้ำให้มูลนิธิทุกแห่งปฏิบัติตามหน้าที่ในการจัดทำและรายงานผลการดำเนินงานประจำปีอย่างเคร่งครัด หากฝ่าฝืนอาจมีความรับผิดตามกฎหมายที่เกี่ยวข้อง นอกจากนี้ การเปิดรับบริจาคหรือเชิญชวนประชาชนให้บริจาคเงินหรือทรัพย์สินในลักษณะที่เข้าข่ายการเรี่ยไร จะต้องได้รับอนุญาตตามพระราชบัญญัติควบคุมการเรี่ยไร พ.ศ. 2487 ก่อนดำเนินการ มิฉะนั้นอาจมีความผิดตามกฎหมาย รวมถึงมูลนิธิและผู้เกี่ยวข้องต้องไม่กระทำการอันเป็นความผิดทางอาญา หรือฝ่าฝืนพระราชบัญญัติกำหนดความผิดเกี่ยวกับห้างหุ้นส่วนจดทะเบียน ห้างหุ้นส่วนจำกัด บริษัทจำกัด สมาคม และมูลนิธิ พ.ศ. 2499