ตึกหลังนี้เป็นตึกคอนกรีตสูง 5 ชั้น ตั้งอยู่ภายในบริเวณทำเนียบรัฐบาล ตรงมุมกำแพงด้านทิศตะวันออกต่อกับกำแพงด้าน ทิศใต้ สถาปนิก คือ นายดวง ยศสุนทร ลักษณะสถาปัตยกรรมเป็นแบบสากลนิยม สร้างหักมุมตามแนวของกำแพงที่ต่อกัน เพื่อรักษารูปแบบ ของสิ่งก่อสร้างเดิม คือเรือนพลอยนพเก้า ซึ่งเป็นเรือนไม้ที่สร้างโค้งตามมุมกำแพงมาก่อนนั่นเอง

ตึกบัญชาการหลังนี้ จอมพล สฤษดิ์ ธนะรัชต์ สมัยเป็นนายกรัฐมนตรีเป็นผู้ให้สร้างแทนเรือนพลอยนพเก้า เนื่องจากเห็นว่า เรือนไม้เดิมนั้นไม่เหมาะกับการใช้เป็นสถานที่ราชการประกอบกับทำเนียบรัฐบาลมีหน่วยราชการที่สำคัญเพิ่มมากขึ้นโดยลำดับ จำเป็นต้อง สร้างตึกขึ้นใหม่ให้มีพื้นที่ใช้สอยมากขึ้น เมื่อสร้างเสร็จแล้วใช้เป็นที่ทำการของนายกรัฐมนตรี

เหตุที่เรียกตึกหลังนี้ว่า ตึกบัญชาการ ก็เนื่องจากขณะนั้นนายกรัฐมนตรีใช้เป็นสถานที่นั่งทำงานและลงนามคำสั่งต่าง ๆ บัญชาการ อยู่ที่ตึกนี้ ปัจจุบันยังมีคำว่า "ตึกบัญชาการ" ติดอยู่หน้าตึกด้านทิศตะวันตกให้เห็นอยู่

ส่วนราชการที่ปฏิบัติงานอยู่ที่ตึกนี้ ได้แก่ สำนักเลขาธิการนายกรัฐมนตรีชั้น 1-2 และสำนักงานสภาความมั่นคงแห่งชาติชั้น 3-5 บริเวณที่สร้างตึกบัญชาการ (หลังเก่า) สมัยเมื่อยังเป็นบ้านนรสิงห์เป็นที่ตั้งของเรือนพลอยนพเก้า และเรือนพรานใช้เป็นที่อยู่ อาศัยของผู้ที่ท่านเจ้าของบ้านอนุญาตให้อาศัยอยู่ได้ ที่ใช้ชื่อเรือนพรานคงจะเป็นเพราะท่านเคยเป็นเสือป่าพรานหลวงสมัยพระบาทสมเด็จ พระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ถัดไปเป็นเรือนพลอยนพเก้าเป็นเรือนที่ประกอบด้วยห้อง 9 ห้อง แต่ละห้องมีชื่อตามอัญมณี 9 สี สมัย จอมพล ป. พิบูลสงคราม เป็นนายกรัฐมนตรี เคยใช้เป็นที่ตั้งสำนักงานสภาวัฒนธรรมแห่งชาติ และเคยใช้เป็นที่ตั้งสำนักทำเนียบนายกรัฐมนตรี เป็นต้น ที่มีชื่อว่า ตึกบัญชาการ (หลังเก่า) นั้น เนื่องจากต่อมามีการก่อสร้างตึกบัญชาการ (หลังใหม่) ขึ้นอีก 1 หลัง